Google нашла с помощью агента в Antigravity пептид-кандидат против бактерий

Биологи Google DeepMind вместе с ИИ-агентом в Google Antigravity нашли в белковой базе UniProt пептид, который, по расчётам, может действовать на возбудителей инфекций дыхательных путей. Сейчас кандидата проверяют в лабораторных опытах.

Почему это важно: обычно на такой поиск уходят дни: скрипты к разным базам, отдельные программы для 3D-моделей, консультации экспертов. Google утверждает, что агент сводит эту работу в одну сессию, а направление поиска по-прежнему выбирает учёный.

Общая картина: микробы всё чаще устойчивы к лекарствам. По оценке, которую приводит Google, к 2050 году это может уносить до 10 млн жизней в год. Авторы считают бактериоцины перспективной альтернативой обычным антибиотикам: это пептиды, которыми бактерии убивают соперников. Эти пептиды бьют по жизненно важным частям чужой клетки, поэтому выработать к ним устойчивость трудно.

Повод: исследователь поставил агенту узкую цель: найти и проверить на компьютере новые антимикробные пептиды у одного из видов стрептококка — близкого родственника пневмококка. Работа шла в диалоге из многих шагов:

• Учёный решал, какие вопросы задавать агенту и какие данные собирать, и направлял поиск по ходу сессии.
• Агент сам сводил данные из нескольких баз, разбирал предсказанную структуру белков и обобщал научные публикации по теме.
• На выходе получился кандидат — белок длиной 97 аминокислот из семейства лактококцина 972¹: структурные и геномные данные говорят в пользу того, что это антимикробный пептид.

Как это работает: Antigravity — среда Google, где задачи выполняют ИИ-агенты; её научная версия подключена к более чем 30 базам данных по биологии и медицине. Искать помогает ProtNLM — модель Google, которая по цепочке аминокислот предсказывает функцию белка. В UniProt миллионы последовательностей попали прямо из проектов секвенирования² геномов и не похожи на изученные белки, поэтому их функция неизвестна; ProtNLM даёт таким записям подписи.

Детали: вместе с рассказом о поиске пептида Google представила Biomolecular Structure Viewer — 3D-просмотрщик структур белков внутри Antigravity. Агент открывает в нём структуру из AlphaFold Protein Structure Database³ или собственное предсказание учёного и подсвечивает участки, о которых рассуждает. Отметки учёного агент тоже видит: можно выделить фрагмент белка и спросить, как он влияет на связывание с липидом II — молекулой, из которой бактерия строит клеточную стенку.

Но: кандидат пока подтверждён только расчётами. Сами авторы называют его биологически правдоподобной зацепкой, которую ещё нужно проверить в лаборатории. Насколько поиск оказался быстрее, Google в цифрах не говорит.

Что дальше: по словам авторов, поиск можно расширить: добавить фильтры, сменить длину последовательностей, взять другие опасные бактерии или микробы из окружающей среды. Кому 3D-просмотрщик доступен уже сейчас, Google не уточнила.

Так уже было: в конце августа Google рассказывала, как команды агентов в Antigravity решили семь открытых задач. Правильность одного из доказательств подтвердила Lean — программа для автоматической проверки математических рассуждений.